No sistema de aquaponia, a idéia central é de que a água leve os dejetos dos peixes para as plantas, e retorne limpa.
Para que a água leve os dejetos (ou para os filtros, que irão reter a sujeira mais grossa, ou para as camas de cultivo, que servirão de filtros diretamente), é preciso tomar diversos cuidados.
O primeiro deles é em relação à saída da água. O ideal é que o tanque de peixes não tenha uma saída na parte de baixo. Confira na imagem:

Perceba que a água é “sugada” do fundo, à medida em que mais água entra no tanque. Ao mesmo tempo em que o nível da água aumenta no tanque, ela precisa escapar para algum lugar. Como o cano na parte de cima é aberto, necessariamente a água é puxada pela parte de baixo. Dessa forma, os dejetos dos peixes são “aspirados”, mantendo a água limpa.

Esse sistema é conhecido como Overflow. O Overflow deve ser projetado de forma a não encostar diretamente no fundo do tanque, para que ele mesmo não impeça o escape da água. Isso pode ser feito através de pequenos “dentes” e “janelas”, que ao mesmo tempo sustentam o cano, e permitem a passagem da água com os dejetos.

Recomenda-se não se fazer o furo para o dreno da água na parte de baixo, nem mesmo embaixo do tanque de peixes. Há o risco da água escoar, por diversos motivos: flange mal instalada, vazamentos, pressão da água.
Caso a água escape, são grandes as chances dos peixes não resistirem, seja pela pouca água que sobrar, ou pela nova água que for colocada, e que provavelmente não estará ciclada.